En 1185, cette église formait le Prieuré de Bath-Paul dépendant de l'Abbaye Saint-Melaine de Rennes. En 1662, l'église n'est régie que par un seul prêtre, vicaire perpétuel du sieur Prieur.

En 1610, Michel Nobletz y rencontrait un grand nombre de pénitents. Les cérémonies liturgiques s'accomplissaient régulièrement dans l'église Saint-Paul, alors que la majeure partie des habitants, devant les sables qui envahissaient le village situé près du cimetière, se regroupait à Porz an Eog.

Vers 1762, l'église était presque délaissée : les trois quarts des cérémonies se faisaient dans la chapelle Saint-Nicolas à Kerantraon, tandis que les enterrements avaient toujours lieu dans le cimetière, dans la chapelle Notre-Dame du Pénity et surtout dans l'église Saint-Paul (311 enterrements de 1700 à 1770). Il ne subsiste aucune trace du Pénity.

Vers 1786, l'armée royale, contre la volonté de la population utilisa l'église comme dépôt d'artillerie, puis pendant la période révolutionnaire en 1794, la chapelle Notre-Dame du Pénity fut également occupée par les canonniers qui servaient les batteries du Kleguer et de Bilvidig, jusqu'au jour où les troupes mirent le feu dans les deux églises en 1798.

En 1830, les murs de l'église étaient intacts : de chaque côté de la nef il y avait 5 arcades, en plein cintre, et, au-dessus, des arcades, 5 croisées s'évasant en dedans en forme de meurtrière. Les bas-côtés ne prenaient qu'une faible largeur.

En 1836, le recteur Jérome Milin, proposa de rebâtir l'église ; ce projet fut abandonné.

Vers 1860, on s'avisa de déblayer l'église des sables qui l'encombraient. On dégagea si maladroitement la nef que, sous la poussée des sables extérieurs, les arcades et une partie des piles s'écroulèrent. Pour remplacer le toit à double pente qui, à l'origine, couvrait les murs intacts du choeur, on contruisit la voûte actuelle ; cette voûte de pierre nous fait penser à l'architeture militaire que l'on retrouve dans les casemates des Forts très en vogue en ce temps-là. La voûte de l'absidiole est intacte et garde son aspect primitif.

Ce sanctuaire fut alors dédiée à Sainte Anne, patronne de la Bretagne. Généralement le dernier dimanche de Juillet a lieu une procession partant de l'église paroissiale vers cette chapelle à moitié enfouie dans les sables. Une messe a lieu en plein air.

Cette église avec son cimetière a été classée monument historique en Juillet 1980.

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