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La Ligue venait de se former lorsque Philippe Emmanuel de Lorraine, duc de Mercoeur, et frère de la Reine, fut nommé gouverneur de Bretagne (1582). Il avait épousé à Paris, en 1579, Marie de Luxembourg, duchesse d'Etampes et de Penthièvre, qui était née à Nantes en 1562 et descendait de Charles de Blois et de Jeanne de Penthièvre. Le duc fit son entrée solennelle le 1er septembre 1583 et alla habiter l’hôtel de Briord (rue de Briord).

Note : ENTRÉE SOLENNELLE DU DUC DE MERCOEUR A NANTES. — Philippe-Emmanuel de Lorraine, duc de Mercœur, fut nommé gouverneur de Bretagne en 1582. L'année suivante seulement, au mois de septembre, il fit en cette qualité son entrée solennelle dans la ville de Nantes ; cette cérémonie eut un grand éclat. Un des registres capitulaires de l'Eglise de Nantes qui nous sont restés en contient (fol. 201 verso et 202 recto) une relation latine inédite et assez curieuse, que je traduis littéralement : « Le jeudi 1er septembre 1583, l'illustre duc de Mercoeur, gouverneur de cette province de Bretagne, fit son entrée solennelle en cette ville de Nantes. A cette occasion, toutes les rues, de la Fosse à la cathédrale, furent tendues de tapisseries des deux côtés, et le pavé recouvert de sable. Le prince, qui venait de Lamballe, coucha la nuit précédente dans la maison d'honorable homme André Ruys [Nota : La maison d'André Ruys, riche négociant de Nantes, était sur la Fosse], et y dîna le jour même. Vers une heure après dîner, le clergé de la collégiale Notre-Dame et des paroisses, les religieux de tous les couvents se rendirent processionnellement, en chapes et sur deux rangs, jusqu'à l'église Saint-Julien [Nota: L'église Saint-Julien se trouvait à peu près au lieu qu'occupe aujourd'hui la Bourse de Nantes], passant, pour y aller et en revenir, devant le duc, qui était assis à la porte du logis d'André Ruys, sur un siège tendu de tapisserie. Après le clergé parut la milice bourgeoise, rangée par compagnies, qui arrivait du manoir épiscopal de la Touche où elle s'était d'abord rendue par la rue du Bignon-Estard [Nota : C'est aujourd'hui la rue Rubens] et d'où elle s'en revint par le bas de la Fosse. Les fantassins, dont quelques-uns vêtus à l'allemande, marchaient sur cinq hommes de front. Quant à la compagnie de la Sauzaie [Nota : La Sauzaie était ce qu'on nomme à présent l’île Feydeau], commise à la garde de la porte Saint-Nicolas, elle se tenait à son poste immobile, et brillante sous les armes. Derrière la milice venaient le maire, qui harangua le duc, les échevins, les plus notables bourgeois et les officiers de l'Hôtel-de-Ville ; la cavalerie sur trois de front. Puis le sénéchal en robe rouge, qui fit aussi sa harangue, l'alloué, le lieutenant criminel, les conseillers, les avocats, les procureurs et les huissiers du siége présidial. Ils étaient suivis de neuf personnages à cheval, nobles et magnifiques, couverts de vêtements royaux, et qui représentaient les neuf pairs de France [Nota : Le greffier du chapitre se trompe ; il veut dire évidemment les neuf hauts barons de Bretagne, et non point les pairs de France qui étaient douze]. Immédiatement après venait un char de triomphe, superbement décoré, dans lequel cinq enfants chantaient en symphonie. Derrière le char marchaient les gardes du gouverneur. Puis, on voyait s'avancer, portés par des hommes couverts de lierre, six arcs de triomphe, sous lesquels pendaient les armoiries de Nantes, de la province de Bretagne, du duc de Mercœur, de Sa Majesté, et les figures de la lune et du soleil. L'université de Nantes venait ensuite en bel ordre, avec son recteur, qui adressa au gouverneur une éloquente harangue, avec ses officiers en robes rouges et bonnets de docteurs. Enfin, le gouverneur lui-même, sur les quatre heures, montant un cheval caparaçonné, se rendit à la cathédrale sous un dais de soie, à ses couleurs, porté par quatre des anciens bourgeois de la ville, qui marchaient à pied. Le révérendissime seigneur Philippe du Bec, évêque de Nantes, portant la mitre et la crosse, le chantre, avec le bâton de sa dignité, et tout le clergé de la cathédrale en chapes, ayant dit vêpres et complies, se tenaient devant les portes de l'église à attendre le gouverneur. L'évêque le salua d'une belle harangue, à laquelle ayant de suite répliqué, le duc prêta le serment de fidélité entre les mains du prélat, adora et baisa la Sainte Croix que celui-ci lui présentait, puis entra dans l'église, ainsi que tout le cortège. Là, le Te Deum fut chanté, avec accompagnement d'orgue et de musique. Le duc se plaça dans le chœur, sur un siége couvert d'un dais, que l'on avait préparé en face de l'autel ; et après avoir prié pendant quelque temps, il se retira à son logis ». (A. L. B.).

Cependant les calvinistes cernaient la ville de toute part. Le duc de Mercœur, encore fidèle en apparence au roi de France, faisait des efforts inouïs pour les éloigner de Nantes et mettre la ville à l'abri d'un coup de main. Pendant qu'il luttait contre eux, on travaillait à force, par ses ordres, à consolider le château, et à élever une ligne de fortifications nouvelles autour de la ville neuve ou Marchix.

Alors arrive à Nantes la nouvelle de la mort du duc de Guise, assassiné à Blois le 23 décembre 1588. Le duc de Mercœur était cousin des Guise. Soudain il lève le masque ; des troupes à sa solde remplacent les habitants dans le service du guet et la garde de la ville ; un conseil, composé de catholiques zélés, est institué pour épurer la population et veiller à la sûreté du gouverneur ; le maire et 80 notables, dont on suspecte le dévouement, sont arrêtés et détenus au château ; l'Assemblée de ville, intimidée, déclare cesser toutes relations avec les villes qui n'étaient pas entrées dans la sainte union. C'est en vain que le Parlement de Rennes déclare le duc de Mercœur traître et rebelle, sa popularité en est augmentée. Bientôt un religieux de Saint-Denis, Jacques le Bossu, vient prêcher dans la ville ; il représente Henri III comme l'ennemi de la religion et un vil assassin ; le roi de Navarre est un hérétique ; Mercœur seul est digne de défendre et de gouverner le parti catholique. Le peuple se portait en foule à ces sermons et acclamait le prédicateur. Enfin, à l'instigation de Le Bossu, tous les habitants sont forcés de prêter serment à La Ligue ; ceux qui refusent sont chassés.

C'est alors qu'Henri III est assassiné par Jacques Clément (1er août 1589). Le Parlement de Rennes s'empresse de reconnaître le roi de Navarre. Mercœur répond par la création du Parlement de Nantes. Dès lors une sorte de terreur règne dans la ville : on dresse des listes de suspects, on emprisonne, on exécute, on confisque les biens. L'évêque, Philippe du Bec, accusé de tiédeur, est dépouillé de son siège. Un instant, le cardinal de Bourbon, reconnu roi par les ligueurs, est acclamé à Nantes. Mais le duc de Mercœur sait bien qu'il n'a rien à craindre de ce roi de paille ; il est entouré de fortifications inexpugnables ; il a dans la main des troupes nombreuses, renforcées par 5.000 Espagnols ; le clergé lui obéit ; la bourgeoisie le craint ; le peuple, dont il a flatté la jalousie et le fanatisme, l'affectionne. Qui l'empêchera de faire de Nantes, devenue par ses soins capitale de la Ligue, la capitale d'un nouveau duché de Bretagne, fondé sur le succès des armes et les droits des Penthièvre ?

Les Etats-Généraux de l'Union s'étaient tenus à Nantes en février 1591 ; on y avait ordonné que tous les seigneurs et gentilshommes fissent leur soumission à la sainte Ligue. Saint-Mars-la-Jaille s'y étant refusé, son château avait été assiégé et pris ; peu après, les châteaux de Saint-Mars-de-Coutais, de la Bretesche, de Vue, et de Blain avaient subi le même sort ; celui de Montaigu était déjà démantelé. En mars 1592, Mercœur avait remporté près de Craon, une victoire. La fortune semblait le favoriser. Mais pendant ce temps, le roi Henri entreprenait et poursuivait la conquête de son royaume.

En 1595 il n'y avait plus que le duc de Mercœur à résister au roi de France. Henri IV se décida enfin, le 18 février 1598, à marcher contre lui. Mercœur tenait ferme et continuait de se fortifier ; mais, pendant qu'il donnait ces gages de dévouement ostensible à son parti, deux femmes traitaient en secret de sa soumission et de sa grâce. Gabrielle d'Estrées, s'était en effet abouchée avec la duchesse de Mercœur ; bientôt toutes deux vinrent trouver le roi, en lui apportant à signer le mariage de la fille unique du duc de Mercœur avec César, duc de Vendôme, fils naturel du roi, qui devait quelques jours après être nommé gouverneur de Bretagne, bien qu'il ne fut âgé que de quatre ans [Note : Le traité entre Henri IV et Mercœur fut signé à Angers les 18 et 20 mars 1598 ; Mercœur obtenait 235.000 écus de gratification, 150.000 livres de pension, 45.000 écus à prendre sur les impôts de la province de Bretagne, tous les blés en magasin, 150.000 écus pour dédommager ses lieutenants, etc … « Mercoeur obtint son pardon à des conditions aussi favorables pour lui qu'onéreuses pour les malheureux sur lesquels il avait déjà fait peser tout le poids d'une guerre civile suscitée par son ambition » (Guépin). Sully a calculé — et il s'en indignait — que la soumission de Mercœur coûta au roi (aux Bretons plutôt, aux Nantais surtout) 4.295.350 livres. Avant le départ de son père pour Rennes, le duc de Vendôme — 4 ans ! — présida, en qualité de gouverneur de la province, une réunion de bureau de ville, à Nantes !]. Henri IV fit son entrée à Nantes le 13 avril 1598, par la porte de Saint-Pierre et alla descendre au château (H. Etiennez).

Persécutions contre les Protestants à Nantes sous la Ligue.

Mercoeur commandait en maître à Nantes. Il y fit ou y laissa commettre beaucoup d'excès et de violences contre les personnes ; mais les victimes furent plutôt des étrangers que des Réformés de Nantes quoique, assurément, ces derniers ne fussent point épargnés.

Tous les prisonniers que faisaient les Ligueurs étaient amenés dans « cette capitale de la Ligue ».

Certains d'entre eux eurent à endurer d'horribles traitements. Ainsi l'un des plus honnêtes hommes de La Roche-Bernard, nommé Jean Durand, l'aîné, après avoir été, dit Crevain, épuisé de moyens par toute sorte de rançons, fut détenu longtemps en prison à Nantes, où, enfin, il fut réduit à tel point de ne pouvoir aller à ses affaires que dans ses chausses cousues avec son pourpoint, avec telle puanteur et pourriture, qu'il finit ses jours en cet état misérablement et par une torture inouïe. Et parce que ce traitement lui fut fait en haine de la religion en laquelle il persévéra, on peut dire de lui qu'il mourut martyr.

Son fils Jonas Durand, ayant été pris par la Ligue, fut mené à Nantes, où il fut condamné comme séditieux à être pendu, puis après brûlé comme hérétique.

Un gentilhomme du Poitou, nommé Laspoy, fut traité avec plus de cruauté encore. Amené captif à Nantes, il fut livré par le duc à un sien cousin germain nommé la Roche-Boiseau, qui le haïssait à mort et qui s'avisa d'un tourment inouï pour le faire languir avant que de le faire mourir. C'est de le mettre tout en chemise le long d'une nuit d'hiver, la plus rude et la plus froide, et le matin, tout raide qu'il était et gelé de froid, le présenter et tourner comme un rôti ; ensuite de quoi il languit trois ans et plus avec des maux incroyables, qui ne finirent que par la mort (B. Vaurigaud, Histoire de l'Eglise réformée de Nantes, p. 106 à 107).