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Les protestants s'établissent à Vannes en 1562 sous la direction du pasteur Philippe Bergeay, cependant les guerres de religion n'y eurent guère de repercussion, malgré le voisinage des centres huguenots importants de Ploërmel et de la Roche-Bernard et le prosélytisme plutôt énergique du vicomte de Rohan, de Francois de Chatillon, sire d'Andelot, et de sa terrible femme. Cependant, d'après Dom Morice et l'abbé Le Mené, Vannes aurait été représentée, le 23 février 1564, au synode de la Roche-Bernard. Le roi autorisé par bulle du 24 octobre 1568 à lever un impôt sur les biens ecclésiastiques pour la lutte contre les Calvinistes, taxa le diocèse de Vannes à 7401 livres.

Au commencement de mai 1576, la paix de Beaulieu ou paix de Monsieur fit de grandes concessions aux protestants ; cette marque de faiblesse du pouvoir royal donna aux catholiques l'idée de s'associer eux aussi. Le prince de Condé avait reçu, pour sa part, le gouvernement de la Picardie : d'Humières qui commandait à Péronne, fit signer à tous ceux qui l'entouraient une très chrestienne union à l'effet d'employer leurs vies et leurs biens pour la conservation de la ville et de la province en l'obéissance du roy et l'observance de l'église catholique. Cet exemple fut contagieux : des unions semblables se formèrent de tous côtés et se liguèrent, sous la direction du duc de Guise, Henri le Balafré, petit fils de Renée de Bretagne, soeur de la reine Claude.

Si la Ligue avait conservé son caractère d'association destinée à défendre la religion catholique contre les Réformés qui essayaient de la saper et de se substituer à elle, elle n'aurait guère agité la Bretagne fermement catholique et où les protestants ne formaient qu'une infime minorité, mais des intérêts personnels et politiques vinrent fausser et dévier son but initial et se couvrir du masque de la religion pour jeter le royaume dans une nouvelle guerre civile ; la Bretagne devait d'autant plus facilement se laisser abuser par les prétextes fallacieux qu'on lui donna, que les ferments séparatistes y bouillonnaient encore et que celui qui allait y être le représentant de la Sainte Ligue, était, du chef de sa femme, un des héritiers de cette famille de Penthièvre qui, à la disparition des mâles du sang de Montfort, était fondée à se réclamer du traité de Guérande et à profiter des accrocs donnés au contrat de la reine Anne.

Le 15 septembre 1582, en effet, le roi à qui les Etats réunis à Vannes venaient d'accorder un subside de 70.000 livres pendant cinq ans, désignait comme gouverneur de la Bretagne, en remplacement du prince de Dombes, petit-fils du duc de Montpensier, Philippe-Emmanuel de Lorraine, duc de Mercoeur et de Penthièvre, frère de la reine Louise de Lorraine et cousin germain du duc de Guise ; c'était au moins une maladresse.

Mercoeur se présenta, le 30 novembre, devant les Etats de Bretagne assemblés à Vannes, pour y faire constater ses pouvoirs ; il dissimula ses vues ambitieuses jusqu'au moment où le duc de Guise tomba, le 23 décembre 1588, sous le poignard des Quarante-cinq du roi Henri III.

A la nouvelle de ce meurtre, la plupart des villes de Bretagne se déclarèrent pour la Ligue, Vannes entre autres ; Mercoeur jugea le moment venu de jeter le masque : il assiégea Rennes et Vitré qui tenaient encore pour le roi. Destitué de son gouvernement, et remplacé par le comte de Soissons, il le fit arrêter et emprisonner à Nantes.

Le roi envoie le prince de Dombes qui mène la guerre contre le rebelle. Sur ces entrefaites, Henri III chassé de Paris par les ligueurs, se réconcilie avec le roi de Navarre et le fanatique Jacques Clément le poignarde à Saint-Cloud, le 1er août 1589. Il ne reste plus en présence que deux partis : les royalistes, protestants ou politiques, d'une part, qui reconnaissent Henri IV et la Ligue, de l'autre, sous l'autorité nominale du cardinal de Bourbon, Charles X, prisonnier de son neveu et compétiteur.

Dombes force, le 2 mai 1590, Jérôme d'Arradon à capituler dans Hennebont : enhardi par ce succès, il chasse Mercoeur d'Auray et le poursuit jusque sous les murs de Vannes où il essuie un échec, entre la Madeleine et Nazareth, au combat du Pargo.

Mercoeur fait appel au roi d'Espagne qui, heureux d'intervenir pour avoir une occasion de poser la candidature au trône de France de sa fille, l'Infante Claire-Eugénie, en qualité de descendante directe d'Henri II, lui envoie 5000 Espagnols qui font leur entrée à Vannes, le 27 octobre 1590. Après quelques jours de repos, ils vont, le 9 novembre, reprendre Hennebont qui capitule de nouveau, le 2 décembre. C'est pendant le séjour des Espagnols à Vannes qu'une fonderie de canons y fut installée et que les fortifications furent renforcées par la construction de bastions, à l'Eperon de la Garenne, à la porte Notre-Dame, à la porte de Caër, à l'hôtel de Bazvalan et vers le milieu de la rue Carnot. Vauban ne vint à Vannes que cent ans après leur construction.

Le 6 janvier 1592, Mercœur, désireux de faire plaisir au roi d'Espagne, écrit au Chapitre de Vannes pour lui demander de vouloir bien envoyer à son allié les reliques de Saint-Vincent Ferrier ; persuadé que cela ne souffrira aucune difficulté, il en annonça l'envoi à Philippe II qui s'empressa de remercier. Mais le Chapitre, jaloux de garder le corps du protecteur de la cité, et tenu par une bulle qui interdisait à jamais de déplacer la dépouille mortelle du saint, répondit qu'il regrettait beaucoup mais qu'il ne pouvait donner satisfaction au désir de sa Majesté.

La guerre continua : les deux partis ne cessèrent de s'entre-déchirer avec l'aide de véritables bandits dont le plus célèbre était Guy Eder de la Fontenelle ; les Vannetais n'y prirent part que par des détachements envoyés aux sièges de Douarnenez et de Quimper.

Henri IV ayant abjuré et ayant été absous, le 29 juillet 1594, la Ligue n'avait plus sa raison d'être : la lutte continua cependant mais le pays de Vannes y resta étranger. Henri marcha contre Mercœur qui restait irréductible, mais, quand il arriva à Angers pour aller assiéger Nantes, il y rencontra la duchesse de Mercœur qui lui demanda d'abord une trève de quatre mois, puis la paix qui fut signée à Angers, le 20 mars 1598. Mercœur céda son gouvernement de Bretagne au duc de Vendôme à qui il maria sa fille, unique, puis il alla combattre les Turcs en Autriche et mourut à, Nuremberg, le 19 février 1602.

Une légende locale, à laquelle nul n'est tenu d'ajouter foi, prétend que le roi profita de son séjour à Angers pour pousser jusqu'à Vannes où il fut bien reçu sur la place qui porte son nom, et invité à goûter ce vin de Sarzeau que Suresnes nous envie et qui n'a, avec le Chablis et le Sauternes, qu'une parenté très éloignée. Malgré son courage éprouvé, Henri IV ne put retenir une épouvantable grimace, et, lorsqu'on lui fit remarquer que ce vin était la boisson favorite de nos anciens ducs, il s'écria : « Ventre Saint Gris mes cousins de Bretagne n'étaient pas de petits compagnons ! ».

Les Espagnols n'avaient pas renoncé à leur projet d'enlever les reliques de leur saint compatriote : ils l'écrivirent même aux habitants de Valence chez qui cette nouvelle excita un enthousiasme universel. Un peu plus de discrétion n'eut pas nui au succès : un Vannetais nommé Bourgerel, résidait à Valence ; averti par la joie publique, il s'empressa d'en faire part au Doyen du Chapitre de Vannes qui cacha si bien les reliques que, en 1598, les Espagnols quittant la ville ne purent les découvrir et que, pendant quarante ans, personne à Vannes, ne sut plus où on les avait mises à l'abri.

(E. Fonssagrives).